为了取悦朱全忠，李茂贞还急诏崔胤回朝为相。当然，想进一步加保险，李茂贞又要昭宗把女儿平原公主嫁给自己儿子宋侃（李茂贞原姓宋，因依附太监“立功”得赐姓李）。何皇后心疼自己亲生女儿，昭宗劝她：“只要我能出得城去，不必担心你闺女”。堂堂皇帝，至此连女儿也要舍弃，嫁与悍将之子为媳。
于是，李茂贞终于大开城门，放唐昭宗出城入朱全忠营。君臣相见，昭宗解自己玉带赐予这位“功臣”，并赐号“回天再造竭忠守正功臣”，进爵梁王。
困厄之后，昭宗又得以返回长安。不久，他就让朱全忠写信要回女儿平原公主。李茂贞不敢不还，但公主已被其子宋侃开处破瓜。
朱全忠、崔胤疯狂报复，尽杀宦官近千人，包括退休在家的、出使在外监军的，皆宣诏令所在军将杀之，“止留黄衣幼弱者三十人以备洒扫”。本来新任中尉第五可范对昭宗皇帝非常忠谨，也被当作首犯诛杀。昭宗也不敢保他，只得“私书祭文”安慰这位枉死的公公。
不久，朱全忠欲争淄青之地，辞别皇帝还镇。
宰相崔胤借朱全忠之军力诛除宦官、打败李茂贞之后，见老朱吞并关中、威震天下，纂夺之志已露，便内心生惧。于是，表面上他仍不停向朱全忠报告长安都城的情况，暗中想自己培植势力以遏制对方。于是，他写信给朱全忠，表示长安离凤翔的李茂贞太近，要早作准备，增募军兵，以免皇帝再被劫迁。朱全忠虽是大老粗出身，阴贼过人，当然知道崔胤的用意。他表面从崔胤所请，暗地派人在长安仔细监视崔胤的一举一动。崔胤自以为得计，终日招兵买马，封官命将。
未等崔胤羽翼长成，朱全忠密表崔胤谋反，并命自己留置于长安的将领宿卫都指挥使朱友谅带兵包围崔胤府第，逮捕斩杀了这位崔胤及其党徒数十人。然后，朱全忠又表奏与自己相善的右拾遗柳璨为宰相。唐昭宗只能宣诏任命。
朱全忠一不做，二不休，以李茂贞将要劫驾为辞，派牙将“请”唐昭宗迁都洛阳。此时，唐昭宗从也得从，不从也得从。他只能又一次（也是最后一次）泣别长安。朱全忠军将“驱徙士民，号哭满路”，长安百姓根本来不及收拾，被破门闯入的士兵驱逼立刻就道。百姓们纷纷哭骂道：“贼臣崔胤召朱温来倾覆社稷，使我辈流离至此地步！”权臣纂弑之前，如曹操、高欢，往往做出逼帝迁都的举措，一来摧毁前朝的政治象征，二来巩固树立自己的威权。对此，连普通百姓都一清二楚。同时，朱全忠又派其手下“毁长安宫室百司及民间庐舍，取其材，浮渭（河）沿（黄）河而下，长安自此遂丘墟矣。”
唐昭宗至陕州，朱全忠从河中朝见，昭宗夫妇延老朱内室拜见，何皇后泣道：“自今以后我夫妇就都依靠全忠你了。”这位何后聪敏，已看明天下事运。过了数日，君臣宴饮，唐昭宗独留朱全忠以及韩建两人，韦后自执酒杯劝酒，天家尊礼至此完全扫地至尽。忽然，唐昭宗一个妃子进来与皇帝耳语，韩建暗中踩老朱脚，老朱警省，怀疑皇帝想害自己，也不敢喝韦后递过的酒，“阳（佯）醉而出”。
唐昭宗自知洛阳之行凶多吉少，分别派人至李克用、王建等节度使处，表示到洛阳后，肯定受人幽闭软禁，诏敕不由已出，望大家努力恢复。果然，朱全忠不再耐烦唐昭宗半路拖延，派军将催逼皇帝一行立刻上路。快到洛阳时，朱全忠又派人一夜之间把侍奉昭宗起居的少年侍从二百多人全部勒死，换上同样数目身材差不多的自己人，“代之侍卫”。唐昭宗常常大饮至醉，起先根本没有察觉，“累日乃悟”，才知自己左右完全是朱全忠手下。
唐昭宗天祐元年（公元904年）夏六月，皇帝及百官皆至洛阳新宫。昭宗大宴群卧，数杯酒入肚，忽召朱全忠近前，指着自己的靴子说：“朕缚带松，全忠为朕系上”。不得已，朱全忠硬着头皮弯腰为皇帝系绑缚带，“惶恐汗出”。唐昭宗本意，是想文臣武班中此时能冲出一人，立时擒斩朱全忠，但是，最终无一人“挺身而出”。
心疑之下，朱全忠东还回大梁，但整个洛阳城皆是他手下文武将帅统管。唐昭宗一举一动，也都处于老朱心腹蒋玄晖的严密监视之下。当时，李茂贞、王建、刘仁恭、杨行密等朱全忠的敌对势力往来信使繁切，“皆以兴复为辞”。朱全忠又怕唐昭宗在洛阳生变，便下令蒋玄晖与自己派去当禁军护卫将领的朱犮宁、氏叔琮等人见机干掉唐昭宗。
公元904年阴历八月壬寅夜，蒋玄晖率龙武牙宫史太等一行兵卒入宫。昭宗妃子裴氏开门见来人皆执明刃，质问对方，被史太一刀砍下脑袋。昭仪李氏见状，忙大呼：“宁杀我曹，勿伤万岁！”昭宗正饮得大醉，闻声而起，“单衣绕柱走”。李氏以身蔽帝，被史太一刀挥为两段。然后，他追上昭宗，把这位唐朝皇帝捅个透心凉。何皇后见状，跪地哀求蒋玄晖。蒋玄晖见何后凄婉可怜，老朱又没下令杀她，便饶了何后一命。
杀完人，蒋玄晖矫诏称李、裴二妃弑逆，立昭宗第九子辉王李祚为帝，是为唐哀帝，时年十三。
阴狠猜忌乱伦灭性――贱民为帝的梁太祖
朱全忠闻唐昭宗被弑，假装大惊失色，继而嚎哭不止，自投于地，大叫“奴辈负我，令我受恶名万代！”然后，他率大军亲至东都洛阳，假模假式向少帝“涕陈”情由，怪罪自己没有“照顾”好先帝。为了灭口，他把自己的义子朱犮宁和大将氏叔琮皆诬以他罪杀掉。临受刑，朱犮宁大叫：“卖我以塞天下之谤，皇天在上，行事如此，你自己还想有后代活在世上！”（《旧五代史》记载是大将氏叔琮被杀时所言）
呆了数日，见洛阳城内并无大的异状，朱全忠内心始安，开始打起唐昭宗诸王子与大臣的主意。
阴历二月初五，蒋玄晖遵朱全忠之命，邀昭宗所生的德王李裕等十一个王子于九曲池置宴。这些王子皆是十来岁的少年，不敢不来，来了也不敢不喝，被大杯大杯灌酒。没多久，军士涌上，把这十一个少年均活活用弓弦勒死，然后在禁苑中随便刨个大坑埋掉了事。金枝玉叶，一夕殒落无遗。
宰相柳璨依恃老朱，也妄作威福。听说占星者说有天灾，柳宰相便劝朱全忠大行诛杀以应之。老朱谋士李振考进士多年未中，也恨当朝缙绅，力劝朱全忠：“此辈常自谓清流，宜投之黄河，使为浊流。”朱全忠“笑而从之”，一夜杀掉在朝的三十多个大臣，皆投尸于黄河。
大肆诛戮后，朱全忠又忽然发兵击袭淮南，但是，军行无获，在淮北还被光州刺史柴再用杀败一次，损兵折将。躁忿之余，朱全忠只得归返大梁。
败后，朱全忠更欲马上纂位立威，忙派人去洛阳与蒋玄晖等人密议。蒋玄晖时为枢密使（杀尽太监后，枢密使就成为位居宰相以上的最高朝官），他招柳璨商议。这两个奸贼毕竟读书人出身，觉得老朱应仿效魏晋禅代故事，封大国、加九锡、待殊礼，最后受禅为帝。于是，二人自作主张，先授朱全忠诸道元师（军委主席）。朱全忠大怒。在洛阳的宣徽副使王殷、孔循两人妒忌蒋玄晖、柳璨二人权盛，想取而代之，便密告朱全忠说蒋、柳两人逗留观变，想延长唐朝的祚命。
蒋玄晖得知主子对自己起疑，苍惶奔至寿春自陈。朱全忠指着他的鼻子大骂：“你们这两个人巧借闲事阻我好事，难道不受九锡，我就不能当天子！”
蒋玄晖跪地哀祈，为老朱分析天下事：“唐祚已尽，天命归您，天下皆知。但李茂贞、李克用、王建等人都坐拥大镇，为王爷您的劲敌，如果您仓促受禅，这些人肯定不服。不如按部就班，创立万事基业……”
老朱根本听不下去，叱骂道：“你这个奴才就是想背叛我！”
无奈何，蒋玄晖又奔回洛阳，与柳璨商议加朱全忠九锡之事。当时，唐朝的昭宣帝根据唐朝礼仪正准备率群臣进行郊天的典礼，王殷、孔循等人又密告朱全忠，说蒋、柳两人让小皇帝率大臣祭天，也是为了延长唐祚的举动。
大怒之下，朱全忠坚拒朝廷所加的“九锡”。柳璨害怕，又亲自到大梁请朱全忠“受禅”，也被拒绝。在王殷、孔循窜掇下，朱全忠诬称蒋玄晖与何皇后（昭宗皇后）通奸，柳璨谋反，皆逮捕族诛，并派孔循到积善宫把何皇后活活勒死。何氏这一妇人也是精敏过头，唐昭宗被杀当时如死节，定为烈妇榜样。她总想延迁岁月，终归不得久长。柳璨临刑，悔愧无极，大叫道：“负国贼柳璨，死的活该！”
诸事办妥，朱全忠还是不安心，徘徊观望。此时，恰巧魏博六镇军乱，为老朱称帝献上了一份大大的“厚礼”。
魏博藩镇雄据六州，自田承嗣以来，节度使为了护身自固，招募不少牙兵（贴身亲兵），锦衣玉食，赐给丰厚。年久日远，“父子相袭，姻党胶固，变易主师如儿戏。”自田氏灭绝后，一百多年来，牙兵牙将倒成为魏博真正的主人，“主师废置出于其手，如史宪诚、韩君雄、乐彦祯皆其所立。小不如意，则举族被诛。”（赵翼）
罗绍威虽为魏博节度使，内心恶牙兵乱权，但又力不能制。于是，他暗派人招亲家翁朱全忠来帮自己解决问题。老朱率精兵十万，以击伐沧州刘仁恭氏父子为名，驻屯深州。正好，嫁给罗绍威儿子的朱全忠女儿病死，老朱就以会葬为名，暗遣一千多汴军军士装作送丧礼的挑夫，把甲胄军器藏于担子中伪装进入魏博。
魏博牙军没有任何警惕，任凭这些老朱派来的“挑夫”络绎入城。